博物馆在主楼周边设置了长达620米的隔震沟，地下一层下方设置了1.8万平方米的隔震层，是我国已建成隔震博物馆中隔震区域投影面积最大的一座。隔震层内共设有242个隔震支座，其中有197个铅芯叠层钢板橡胶支座，39个普通叠层钢板橡胶支座，6个滑板支座。支座将整座博物馆托举起来，彻底切断了地震波的传播路径，确保藏品、人员、场馆的安全。